مؤلف در کتاب روش های تأویل قرآن مساله تأویل را از زوایای مختلف مورد بررسی قرار داده است. وی در فصل اول کتاب پس از تعریف تأویل، به سیر تحول آن در آیات و روایات پرداخته و رابطه بین تأویل و تفسیر را شرح می‌دهد. در فصل دوم به توضیح معنای تأویل، تنزیل و تفسیر در اخبار پرداخته، رابطه بین این واژه‌ها را بررسی می‌کند. در فصل سوم عوامل مؤثر در فهم تأویل قرآن را بیان و آگاهان به تأویل که پیامبر و ائمه می‌باشند، را ذکر می‌نماید. در فصل چهارم مساله جری و تطبیق قرآن بر اهل بیت را مورد بررسی قرار داده و اخباری که در روایات تفسیری وجود دارد دسته بندی نموده می‌گوید: تطبیق بر دو قسم است؛ تطبیق صحیح و مقبول و تطبیق باطل و غیر مقبول و درباره هر کدام روایاتی را ذکر می‌نماید. در فصل پنجم تأویل قرآن در مذهب باطنیه را شرح داده، نمونه‌هایی از تأویلات آنان را ذکر و در پایان دیدگاه آنان را نقد و بررسی می‌کند.
در حقیقت مطالب کتاب را می‌توان به دو قسمت بحث مفهومی و مصداقی تقسیم نمود، یعنی در ابتدا مفهوم تأویل شرح داده شده و در ادامه مصادیق تأویل را بررسی کرده و با استفاده از آیات و روایات روش تأویل را نیز شرح داده است.
وی برای فهم تأویل قرآن شرائطی را قائل است و می‌گوید تا دانش‌های لازم برای تأویل قرآن وجود نداشته باشد نمی‌توان قرآن را تأویل نمود و از آنجا که پیامبر و امامان دارای دانش لازم برای تأویل قرآن می‌باشند، لذا تأویل تمام قرآن اختصاص به آنها دارد، گر چه انسانهای دیگر نسبت به علومی که دارند می‌توانند از دانش تأویل قرآن بهره مند باشند، ولی تأویل آنها ناقص می‌باشد.
وی مصحف حضرت علی (ع) را یکی از منابع مهم تأویل قرآن می‌داند که توسط ائمه تأویلاتی از آن پیرامون قرآن نقل شده است.

تفسیر موضوعی، به معنای فراهم آوردن آیات هم ‏مضمون و دسته ‏بندی مجموع آن آیات و بحث و بررسی آنهاست. این شیوه تفسیر نوپاست، از این رو به معرفی بیشتر، نیاز دارد. کتاب تفسیر موضوعی، چیستی، بنیان ها و پیش فرض ها، این روش تفسیری را از جنبه‏ های مختلفی به تفصیل، معرفی کرده است