فیلم زیر پوست شهر روایت زندگی فقیرانۀ «طوبی» زن كارگری است که برخلاف عقیدۀ شوهرش «محمود» و پسر بزرگش «عباس» دوست دارد در همان خانۀ محقرش زندگی كند. پسر كوچكترش «علی» كه به مادرش سواد می‌آموزد، در بحبوحۀ انتخابات مجلس ششم، به مسائل سیاسی كشورش علاقمند است و در فعالیت‌های انتخاباتی شركت دارد و هر از گاهی پایش به كلانتری كشیده میشود. عباس كه رویای سفر به ژاپن را در سر دارد و در یک كارگاه پوشاک كار می كند، دل در گروی عشق دختری می‌بندد. دختر بزرگتر خانواده كه باردار است، پس از كتک‌خوردن از شوهرش با دختر كوچكش به خانۀ مادرش می‌آید، ولی بعدها با وساطت طوبی به خانه‌اش برمی‌گردد.
عباس و پدرش، در غیاب طوبی، قبالۀ خانه را به «معمار» كه خریدار خانه است می‌دهند. درحالی‌كه «مریم خانم»، همسایه و همكار طوبی در كارخانه در تدارک جشن عروسی «سمیه» دختر بزرگترش است، «معصومه» دختر كوچكش، به‌دلیل كتكی كه از برادرش به خاطر دیرآمدنش به خانه خورده، از خانه فرار می‌كند. «محبوبه» دختر كوچک طوبی كه با معصومه دوست است او را در پارک ملت ملاقات می‌كند، ولی توسط نیروی انتظامی دستگیر و به كلانتری برده میشود. طوبی كه می‌خواهد قبالۀ خانه را برای آزادی دخترش در كلانتری گرو بگذارد، متوجه میشود كه قباله در خانه نیست.
دختر را به خانه بر می‌گردانند. شركت اخذ ویزا قلابی از آب در می‌آید و عباس به كار قاچاق كشیده میشود. او به ارومیه می‌رود و علی كه به تصمیم ناگهانی او مشكوک شده به‌طور پنهانی پشت وانت او سوار میشود و در می‌یابد كه او قرار است لباس‌هایی كه در میان آنها مواد مخدر جاسازی شده به محلی تحویل دهد. علی لباس‌ها را بیرون می‌ریزد و عباس پس از پیدا‌كردن برادرش در پشت وانت او را به‌شدت كتک می‌زند، ولی بعد با هم بر می‌گردند. طوبی برای دیدار عباس به مخفیگاه او می‌رود. صاحب كار عباس هم به دنبال او می‌آید، ولی عباس با كمک مادرش فرار می‌كند. در پایان طوبی در روز انتخابات جلوی دوربین تلویزیون حرف می‌زند و می‌گوید كه بهتر است از درون قلب او تصویربرداری كنند.
زیر پوست شهر جایزۀ بهترین فیلم خارجی‌زبان و جایزۀ تماشاگران جشنوارۀ فیلم تورین را در سال ۲۰۰۱م و جایزۀ نتپک و جایزۀ ویژۀ جشنوارۀ فیلم لوکارنو را در سال ۲۰۰2م کسب کرده است.
