کتاب تاریخ قرآن از یک مقدمه و شش فصل تشکیل شده است. محمد هادی معرفت نخست پیشینۀ کتاب‌هایی با عنوان شناخت قرآن در دوره‌های گذشته را بررسی کرده و سپس به معرفی کتابهای تاریخ قرآن در عصر حاضر پرداخته است.
نویسنده در فصل اول بحثی دربارۀ چهار معنای وحی در قرآن دارد. او توضیح می‌دهد که وحی به معنای: اشاره پنهانی، هدایت غریزی، الهام، و وحی رسالتی به‌کار رفته است. او همچنین در این فصل به مسئله امکان وحی، دلایل امتناع وحی و کیفیت نزول وحی پرداخته است. بررسی داستان ورقة بن نوفل و چگونگی افسانه غرانیق برای نویسنده اهمیت داشته و از این رو به این داستانها در همین فصل پرداخته است. در پایان این فصل به مسئله کاتبان وحی و چگونگی ثبت و ضبط قرآن توسط آنان پرداخته شده است.
فصل دوم به آغاز نزول قرآن، دوران فترت، مدت نزول، نزول دفعی و تدریجی و مفسران اختصاص یافته است. در همین فصل به خواننده اطلاعات کلی از قبیل اولین و آخرین آیه و سوره قرآن، ترتیب نزول سوره‌ها، مکی و مدنی و معیار شناخت هر کدام از آنها و فواید شناخت آنها ارائه شده است. مطالب او در این فصل تقریبا تکرار مطالبی است که در غالب تفسیرهای قرآن می‌توان یافت جز آنکه به چند سؤال یا به تعبیر نویسنده شبهه دربارۀ مکی و مدنی بودن سوره‌ها توجه شده است.
در فصل سوم نویسنده از نظم و تالیف قرآن، نظم آیه‌ها در هر سوره و توقیفی بودن نظم آیات سخن گفته است. او نام کسانی را برده که مُصحف را جمع آوری نمودند و مشخصات هر کدام از مصاحف را بیان می‌کند. کسانی مانند علی بن ابیطالب، ابن مسعود و اُبیّ بن کَعب. سپس موضوع مشهور یکی کردن یا توحید مصاحف در دوران عثمان بررسی شده است و این که چگونه مصحف عثمانی در همۀ بلاد اسلامی منتشر شد.
قاریان قرآن و چگونگی به رسمیت یافتن قرائت‌های هفتگانه، عوامل اختلاف در قرائت‌ها، راههای شناخت قرائت صحیح و مساله تواتر قرائت‌ها مباحثی هستند که معرفت در فصل چهارم از آنها بحث کرده است. در پایان فصل حجیت قرائت‌های هفتگانه را ذکر می‌کند و توضیح می‌دهد که قرائت عاصم به روایت حفص برگزیده قرائت‌ها و مطابق با قرائت جمهور مسلمین از صدر اسلام تا کنون بوده است.
فصل پنجم به تحریف ناپذیری قرآن مربوط است. ابتدا مؤلف واژه تحریف از نظر لغت و اصطلاح را بررسی می‌کند. آنگاه دلایل نفی تحریف از جمله: گواهی تاریخ، ضمانت الهی، ضرورت تواتر قرآن و نصوص اهل بیت را که همگی دلایلی کلامی و درون دینی‌اند بیان شده است.
در فصل آخرمساله ترجمه قرآن مورد بحث قرار گرفته که در این زمینه نویسنده ابتدا ترجمه را تعریف و سپس روش‌های ترجمه را ذکر کرده است. در قسمت دیگری از این فصل دلایل مخالفان ترجمه قرآن بیان شده و مؤلف به آنها پاسخ می‌دهد.
در مطالعات اسلامی در غرب کتابهای آشنایی با قرآن و تاریخ قرآن به قلم محققان غیرمسلمانان فراوان نوشته شده است. در همۀ آنها ادعاهای مشهور علمای مسلمان دربارۀ قرآن نقد و بررسی شده‌اند. اما در میان کتابهای عالمان مسلمان کتاب آقای معرفت با همۀ اشکالات محتوایی، تاریخی و مطبعی که دارد (و از سازمان مطالعه و تدوین کتب علوم انسانی انتظار می‌رود که چنین اغلاطی در کتاب درسی نباشد) یکی از بهترین کتابهاست.
