اسماعیلیه معاصر به دو فرقه عمده تقسیم می‌شود: 1 اسماعیلیان مُستعلوی یا بُهره‌ها، 2 اسماعیلیه آقاخانیه. گروه دوم بازماندگان نِزاریان اَلَموت هستند که با جمعیتی در حدود 10 میلیون نفر در آسیای میانه، آفریقا، هندوستان، پاکستان، لبنان، سوریه، ایران و افغانستان پراکنده‌اند و چون امام زندۀ ایشان در هر دوره ملقب به «آقاخان» است آنها را آقاخانیه می‌نامند. نویسنده در تاریخ و عقاید اسماعیله آقاخانیه، تاریخ و عقاید این گروه را بررسی می‌کند و به فایده و ضرورت تحقیق نیز اشاره کرده است.
فصل دوم تاریخ و عقاید اسماعیله آقاخانیه نگاهی است به منابع اسماعیلیه آقاخانیه. فصل سوم شامل اطلاعات مختصری است درباره چگونگی پیدایش اسماعیلیه و تحولات تاریخی آن تا انقراض دولت اسماعیلی اَلَموت. در فصل چهارم، سرگذشت اسماعیلیه پس از سقوط اَلَموت تا ظهور آقاخان پی‌گیری می‌شود. فصل پنجم درباره چگونگی ظهور و پیدایش اسماعیلیه آقاخانیه است. در این فصل از اقدامات آقاخان اول (حسنعلی شاه، آقاخان محلاتی) و شورش او در ایران، همچنین آقاخان‌های دیگر تا آقاخان چهارم صحبت شده است.
فصل ششم تاریخ و عقاید اسماعیله آقاخانیه به تشریح عقاید اسماعیلیان آقاخانیه اختصاص یافته است. فصل هفتم درباره سازمان دعوت و تشکیلات و سلسله مراتب دعوت اسماعیلیان معاصر است. در فصل هشتم انشعابات جدید در اسماعیلیه آقاخانیه معرفی می‌شوند. در فصل نهم شهرها و روستاهای اسماعیلی نشین معرفی شده که عبارت‌اند از: انجدان، کهک، محلات، قم، تهران و ری، دلیجان، شهر بابک، کرمان، سیرجان، یزد، بندرعباس، زاهدان، مشهد، نیشابور، تربت جام، قاین و بیرجند. فصل دهم، ضمایمی است شامل اسامی امامان اسماعیلی و داعیان فرقه‌های مختلف اسماعیلیان.
صفحات پایانی تاریخ و عقاید اسماعیله آقاخانیهبه فهرست منابع اختصاص یافته است.