کتاب تاریخ تشیع در آذربایجان، از جمله آثار تاريخ‌نگارى محلى است كه به زبان فارسی روان نگارش شده است. محمد رضایی، انگيزه خود را از نگارش اين اثر، جبران كمبود آثارى مى‌داند كه در زمينه نقش آذربايجان در تاريخ تشيع وجود دارد.
كتاب، مشتمل بر يك مقدمه و پنج فصل است كه مباحث هر فصل در ضمن چند عنوان مطرح شده است. نويسنده با ارائه مطالب از منابع مختلف، به شيوه‌اى داستان‌وار و به زبانى ساده سعى داشته كه شكل‌گيرى تفكر شيعى در آذربايجان را به لحاظ تاريخى مورد بررسى قرار دهد.
وی در مقدمه كتاب با اشاره به نقش تأثيرگذار آذربايجان در تاريخ تشيع مى‌نويسد: «آذربايجان به‌عنوان يكى از مهم‌ترين بخش‌هاى ايران، از ديرباز نقش غير قابل انكارى در بيشتر تحولات اين كشور داشته و در مقوله مذهب نيز در همه اعصار تاريخ ايران، پيشرو و تأثيرگذار بوده است… پس از ورود اسلام، گسترش و پذيرش عمومى آن، به‌خصوص رسميت تشيع در سال 907ق كه از تبريز شروع شد، تأثير مهمى بر سرنوشت ايران گذاشت.» او سپس با طرح سؤالاتى درباره ورود تشيّع به آذربايجان، تحميل تشيع بر مردم به زور سرنيزه توسط شاه اسماعيل و نوادگانش را تصوّرى اشتباه دانسته است.
خلاصه مطالب فصول كتاب بدين شرح است:
1. با وحدت شبه جزيره عربستان تحت لواى اسلام، كه با افول قدرت ساسانيان هم‌زمان بود، موج فتوحات اسلامى شروع شد و در پى آن، آذربايجان نيز همچون ديگر مناطق ايران، به تصرف مسلمانان درآمد. ابتدا مقاومت‌هايى از سوى اهالى منطقه روى داد و تصرف به‌آسانى ممكن نشد، ولى جذبه اسلام از شمشير فاتحان كارى‌تر بود و مردم آذربايجان را نيز مفتون خود نمود و در زمان كوتاهى، اسلام در اين منطقه گسترش يافت. بسيارى از صحابه در فتح ايران شركت كردند و دسته‌اى از صحابه با گرايش‌هاى شيعى در فتح آذربايجان حضور داشتند كه موجب ورود اولين انديشه‌هاى شيعى به آذربايجان گرديدند. حضور افرادى چون سلمان فارسی و مسلم بن عوسجه اگرچه كوتاه مدت بوده است، ولى مى‌تواند موجبات آشنايى مردم را با عقايد شيعى فراهم كرده باشد. نويسنده به برخى اشتباهات مورخين نيز اشاره كرده و اسلام آوردن اكثريت مردم آذربايجان در ابتداى خلافت حضرت على(ع) به گفته ابن اثير را صحيح نمى‌داند. در انتهاى اين فصل به حضور تعدادى از علويون در آذربايجان اشاره شده كه موجبات آشنايى بيشتر مردم را با خاندان اهل‌بيت(ع) و تفكرات شيعى فراهم آورد.
2. حكومت‌ها با ابزارهاى گوناگونى كه در اختيار دارند، نقش غير قابل انكارى در رشد يك مذهب دارند. در روند گسترش تشيع در آذربايجان، نقش حكومت‌هاى هم‌جوار با گرايش‌هاى شيعى را نمى‌توان ناديده گرفت. حكومت‌هاى آل بويه، حمدانيان، علويان طبرستان، آل مسافر و… از جمله اين حكومت‌ها هستند كه در برخى مقاطع تاريخى، نقش خاصى در تحولات سياسى آذربايجان ايفا كرده‌اند كه در فصل دوم كتاب به بررسى نقش هركدام پرداخته مى‌شود.
3. نگاهى به اوضاع سياسى-مذهبى آذربايجان تا سقوط بغداد، عنوان فصل سوم كتاب است. در نگاه اول، تا سقوط بغداد، اوضاع سياسى-مذهبى آذربايجان پيچيده و تاريك به نظر مى‌رسد، به‌خصوص كه اطلاعات تاريخى نيز بسيار پراكنده و اندك هستند و در برخى موارد، به‌زحمت مى‌توان مطلبى به دست آورد. نويسنده با اين مقدمه به بررسى منابع تاريخى در اين موضوع پرداخته است.
4. آذربايجان در سال 788ق، به تصرف تيمور درآمد. عهد تيمورى براى ترويج تشيع، زمان مناسبى بود و شيعه اثناعشرى از اين فرصت براى نشر عقايد و اظهار آزادانه مقالات خويش، خوب استفاده كرد. نويسنده در انتهاى اين فصل، چنين نتيجه مى‌گيرد كه تشيع در آذربايجان پيش از صفويه، حضورى فعال داشت و هميشه رو به رشد بود و ظهور صفويه آن را جنبه آشكار رسمى بخشيد و موجب شد تا فلسفه و فقه شيعه رونق بى‌سابقه‌اى بگيرند.
5. در آخرين فصل از كتاب، مهم‌ترين عوامل مؤثر در گسترش تشيع بررسى شده است. علماى شيعه در طول تاريخ اسلام، اصلى‌ترين نقش را ايفا كرده‌اند. خواجه نصيرالدين طوسى، از بزرگ‌ترين علماى شيعه است كه با ورود به دستگاه ديوان‌سالارى مغول، نقش عمده‌اى را در گسترش تشيع ايفا كرد. يكى ديگر از عوامل مهم و غير قابل انكار در جذب مردم به‌سوى تشيع، تصوف بوده است. نويسنده در انتها، «اسلام مردمى» را مهم‌ترين عامل رواج تشيع مى‌داند.