کتاب تاریخ ذوالقرنین در دو جلد با موضوع تاریخ خاندان قاجار منتشر شده است. فضل‌الله حسینی شیرازی خاوری این كتاب را به سبک سالنامه نگاشته و براى هر سال بهاريه‌اى آورده و سعى كرده است كه در اين بهاريه‌ها، فنون و صنايع ادبى و نثر مسجع را به كار گيرد و در ضمن وصف بهار، چمن، مرغزار و گشت و گذار، اوضاع روزگار را نيز با صنعت ايهام به صورت تفأل يا تطير بيان نمايد و به عبارت ديگر، هر بهاريه مطلعى است كه به صورت چكيده از وقايع خوب يا بد آن سال خبر مى‌دهد.
خاورى واژۀ ذوالقرنين را از قرآن به عاريت گرفته و مقصودش از ذوالقرنين، فتحعلى‌شاه است كه دو قرن حكومت كرد، البته قرن عربى كه سى سال است؛ هر چند كه حكومت او در سى سال دوم از هشت سال (1342-1350) فراتر نرفت و لذا مؤلف، سال‌هاى باقيمانده از قرن دوم را به ذكر تاريخ حكومت محمد شاه قاجار اختصاص داده است.
مؤلف در آغاز سخن در جلد اول، خطبه‌اى در ثنا و ستايش خداوندى و مدح پيامبر(ص) و معصومين(ع) مى‌آورد و پس از مدح فتحعلى‌شاه و ذكر القاب او، به بيان شرح حال خود و چگونگى راه يافتنش به دربار فتحعلى‌شاه مى‌پردازد. آنگاه برای توصيف اوضاع مملكت ایران به ذكر نسب ايل قاجار پرداخته و از زمان فتحعلى‌خان قاجار كه معاصر شاه طهماسب سوم صفوى و نادر افشار بود، توضيح را بيشتر نموده و پس از ذكر مرگ وى و سپس محمدحسن خان و ايام اسارت آقا محمدخان و حسینقلى خان جهانسوز در شيراز و مرگ كريم‌خان و پايان حكومت زنديه و شرح نسبتا مبسوطى از ايام حكومت آقا محمدخان و چگونگى مرگ وى بهاريۀ 1212ق را آغاز و تا پايان سال 1241ق سال به سال وقايع را توضيح داده و نام اين جلد را «نامۀ خاقان» لقب داده است.
در اين جلد، چگونگى به تخت نشستن فتحعلى‌شاه، دفع مدعيان سلطنت و روابط با مخالفين كه سال‌ها شاه را سرگرم نموده، جنگ‌هاى ایران و روس كه زمينۀ ارتباط با فرانسه و گسترش روابط خارجى با انگليس را فراهم مى‌نمايد تا عهدنامۀ گلستان با روسيۀ تزارى و بستن عهدنامۀ مفصل با انگليس، قتل گريبايدوف و بسيارى از مسائل دیگر مطرح مى‌شود.
جلد دوم رویدادها را از بهاريۀ 1242 تا پايان عمر شاه بررسى مى‌نمايد. اين جلد به «رسالۀ صاحبقران» نامگذارى شده و علاوه بر اين چند سال پايان سلطنت و يكى دو سالى كه از آغاز سلطنت محمد شاه را بيان كرده، داراى «خاتمه»اى نيز هست.
در اين جلد، جنگ دوم ایران و روس، عهدنامۀ تركمانچاى، تجديدنظر در عهدنامۀ مفصل، درگيرى‌هاى ایران در هرات و مرگ عباس‌ميرزا و نايب‌السلطنه كه يک سال قبل از مرگ شاه اتفاق افتاد، چگونگى تشييع جنازه شاه با وحشت از اصفهان به قم، حضور محمد شاه در تهران و تاجگذارى وى، عزل و قتل ميرزا ابوالقاسم فراهانى صدراعظم محمد شاه و صدراعظمى ميرزا آقاسى مطرح شده است.
