سیر تجدد و علم جدید در ایران تلفیق صورت بازنویسی شده قسمت‌هایی از دو پژوهش صورت گرفته در فرهنگستان علوم و متضمن نتایج نظر اجمالی تاریخی به علم جدید و تجدد در ایران است. داوری اردکانی در بخشی از مقدمه کتاب می‌نویسد: «این نوشته گرچه یک گزارش تاریخی است، اما تاریخ نویسی به شیوه متداول تاریخ نویسان نیست و در آن، حوادث به ترتیبی که وقوع می‌یابند وصف نشده‌اند. حوادث در زمان نیستند، بلکه به زمان خاص تعلق دارند و من در صدد بوده ام که ببینم و بدانم تاریخ یکصد و پنجاه ساله یا دویست ساله تجددمآبی با کدام زمان یا چه زمانی پیوسته بوده است».
داوری در بخش دیگری از مقدمه آورده است: «این که علم و تجدد چرا آمد و چگونه آمد، معمولاً یک پرسش بیجا و غیرلازم و بیهوده به نظر می‌آید، آنها که تجدد را دوست می‌دارند، برای به دست آوردن دوست‌داشتۀ خود به توجیه و بحث نیاز ندارند و آنان که با تجدد یا بعضی آثار آن میانه‌ای ندارند، اخذ اجزای خوبش را امری طبیعی می‌دانند و وجود اجزای بد را به سهل انگاری و غرض ورزی و بدخواهی بداندیشان نسبت می‌دهند. در این میان معلوم نیست که نظر و فهم چه جایی دارد. با توجه به این وضع، پرسش را به صورت دیگری می‌توان درآورد که به آسانی نتوانند آن را بیهوده بخوانند: تجدد با ما چه کرد و ما با تجدد چه کردیم؟».
داوری اردکانی در پایان مقدمه با تصریح بر این نکته که کتاب حاضر را به قصد ملامت و عیب جویی ننوشته، بلکه کوشیده است بر خلاف رسم شایع -که موافقت و مخالفت تحکمی و صدور حکم قطعی است- به نقد اوضاع تاریخی بپردازد. می‌نویسد: «در این نقد هرچه گفته ام از سر تذکر و تعلق خاطر به این کشور و تاریخش بوده است. مع هذا شاید علاوه بر ابهامی که در جای جای آن وجود دارد، بعضی از خوانندگان، تفسیر مرا نپذیرند. اما تمنا دارم در آنچه نوشته ام تأمل فرمایند و هرجا ناروا گفته ام تذکر دهند و حتی مؤاخذه کنند. همه سخن و گزارش پژوهش من در یک جمله خلاصه می شود: علم جدید و تجدد ما هنوز تاریخ ندارد». این جمله آخر ترجیع بند همۀ آثار و حاصل عمر داوری اردکانی است. یعنی در هیچ جا حرف آخر را نمیزند و به تأمل دعوت می‌کند.
سیر تجدد و علم جدید در ایران مشتمل بر 3 بخش و 20 فصل است. در پایان کتاب مقاله ای با عنوان «ملاحظاتی در باب سیاست علم و شرایط تدوین آن» به عنوان «خاتمه» آمده و پس از آن فهرست اعلام و نمایه ها درج شده است.
بخش اول کتاب با عنوان «مقدمه ای برای آشنایی با وضع کنونی علم کشور» 12 فصل دارد که عناوین آنها عبارتند از: «شرایط بنیادگرفتن دانش جدید»، «اعزام دانشجو به فرنگ»، «عالم جدید و جهان قدیم»، «اخذ علم و تکنولوژی در عین بی اعتنایی به مبانی تجدد»، «علوم انسانی پس از علوم طبیعی و مهندسی»، «ترتیب اخذ و اقتباس علوم در ایران»، «برنامه جامع علم و پژوهش»، «علم و توسعه و ماهیت علم جدید»، «علوم انسانی در جهان توسعه نیافته»، «علم و جایگاه شایسته آن در تاریخ»، «برنامه علم و پژوهش» و «جهان علم».
بخش دوم با عنوان «تجدد در ایران» شامل دو فصل «دشواریهای راه تجدد» و «سرگذشت مختصر دویست-ساله تجددمآبی در ایران» است.
بخش سوم با عنوان «وضع علوم انسانی و اجتماعی در ایران» به شش فصل «اشاره ای به زمینه ها و سوابق»، «ظاهر تجدد و تجدد ظاهری»، «آغاز آشنایی با علوم اجتماعی و انسانی»، «اشاره ای به وضع جغرافیا و روان شناسی و تاریخ و زبان شناسی»، «جامعه شناسی و دیگر علوم اجتماعی» و «نسبت علوم اجتماعی با علوم دیگر و مقام آن در تجددمآبی ایران؛ تجدد وارونه» اختصاص دارد.
