مسئله مدرسه: بازاندیشی انتقادی در آموزش و پرورش ایران با رویکردی تاریخی، اجتماعی و فرهنگی به مسائل مختلف آموزش و پرورش ایران و به آنچه می‌پردازد که در کلاس‌های درس و مدارس ایران می‌گذرد. این کتاب در 15 فصل به مسائل معلمان، دانش‌آموزان و مدیران به تفکیک و در مجموع پرداخته است. برنامه درسی و تعلیم و تربیت از دیگر مباحث محوری و کلیدی کتاب است که در چند فصل به آن‌ها پرداخته شده است. مسئله سواد و سوادآموزی خصوصا از منظر انتقادی نیز از مباحث مهم کتاب است و نویسنده در سه فصل به طور جامع مسئله بی‌سوادی، کم‌سوادی و نیز جایگاه سواد انتقادی در جامعه امروز ایران را تحلیل و بررسی می‌کند.
نعمت الله فاضلی نویسندۀ کتاب در موخره توضیح می‌دهد که چرا به‌رغم تمام مسائل و مشکلاتی که معلمان و دبیران با آن مواجهند، هنوز جامعه ایران برای این سفیران فرهنگ و ادب و تاریخ خود ارزش و اعتبار قائل است و چگونه می‌توان این عزت و آبروی جامعه علم و فرهنگ را در جهت رشد و توسعه کشور به خدمت گرفت.
کتاب با مقدمه‌ای از محمدرضا سرکار آرانی، استاد ایرانی دانشگاه ناگویای ژاپن، آغاز شده است.
عناوین فصول کتاب عبارتند از:
فصل اول: مرگ مدرسه یا مرگ سوژه
فصل دوم: آموزش و مسئله شهروندی
فصل سوم: مسئله معلمی
فصل چهارم: یاددهی و یادگیری در دوره بحران
فصل پنجم: معلمی بازاندیشانه
فصل ششم: سفری به دنیای درون معلم
فصل هفتم: انشا‌ء و معلمی
فصل هشتم: فرار از مدرسه
فصل نهم: بحران بی‌سوادی در ایران
فصل دهم: چرا باید باسواد شویم؟
فصل یازدهم: سواد انتقادی
فصل دوازدهم: کدام پداگوژی؟
فصل سیزدهم: مسئله آموزش ابتدایی
فصل چهاردهم: بوم‌شناسی و مسئله یادگیری
فصل پانزدهم: مسئولیت ما چیست؟
مؤخره: «آموزش» چشم و «معلمان» آبروی جامعه‌اند.
برای شرح حال و فهرستی از آثار دکتر نعمت الله فاضلی اینجا را ببینید.