روش شناسی تفاسیر موضوعی از یک «مقدمه» با نام دورنمای بحث، یک «مدخل» حاوی نه مبحث و سه «مرحله اساسی» تشکیل شده است. مباحث نه‌گانه‌ای که ذیل عنوان مدخل آمده است حاوی مطالبی اند که طرح و توضیح آنها خواننده را برای ورود به مراحل سه‌گانه بعدی آماده می‌کند. این مباحث عبارتند از: 1. بستر تاریخی تفسیر موضوعی 2. تاریخ تفسیر موضوعی 3. جایگاه تفسیر موضوعی در طبقه‌بندی تفاسیر 4. تفسیر موضوعی: روش یا روش‌ها؟ 5. تفسیر موضوعی، گام دوم 6. تفسیر موضوعی: ضرورتی آشکار 7. وزن ادّله معارض تفسیر موضوعی در میزان نقد 8. حیطۀ موضوعات در تفسیر موضوعی 9. دو گام در تحدید تفسیر موضوعی.
سید هدایت جلیلی، مؤلف کتاب، سه «مرحله اساسی» تحقیق را هم توصیف، تبیین وتوصیه نام گذارده است. او در مرحلۀ توصیف ده نمونه از تفاسیر موضوعی را انتخاب و گزارش کرده است. در مرحله تبیین نمونه‌های دهگانه در سه گام مورد کاوش نویسنده واقع شده است. این سه گام عبارتند از: تعریف تفسیر موضوعی و مقوّمات آن، ارکان تفسیر موضوعی و مبانی تئوریک تفسیر موضوعی.
جلیلی در گام اول نخست بر اساس همان نمونه‌های دهگانه و با اتکا بر اوصاف همگون و خصایص مشترک آنها تعریفی ارائه می‌کند و سپس به ذکر تفصیلی مقوّمات و عناصر تعریف پرداخته است. او در گام دوم نشان داده است که تفسیر موضوعی بردو رکن ایستاده است: رکن درونی (کتاب و سنت) و رکن بیرونی (معلومات و پیش‌فرضهای مقبول مفسر). به علاوه داد و ستد و نسبتی که بین این دو برقرار است. در گام سوم او معتقد است تفسیر موضوعی به لحاظ نظری مسبوق به پیش‌فرض‌هایی است که مفسر آگاهانه یا ناآگاهانه آنها را مفروض دانسته است به نحوی که خلل دریکی از آنها به لحاظ نظری دست مفسر موضوعی را خواهد بست.
در مرحله توصیه جلیلی معتقد است که “توصیه” مبتنی بر “تبیین”است و توصیه‌ها بایدهایی منطقی و روش‌شناختی هستند و نه ارزشی. اودر این قسمت عناوین پنج‌گانه ذیل را مطرح کرده است: 1. انباشتن ذهن یعنی ذهن باید پُر از معارف دینی و معارف عصر باشد. 2. تصحیح و تنقیح مبانی و اندیشه‌های بیرونی، یعنی ذهن را باید از آرای ناصواب پیراست نه از داشتن هرگونه رأی معرفت‌شناختی، انسان‌شناختی و جهان‌شناختی. 3. درکی پاسخگو به پرسش‌های نظری عصر یعنی آدمیانِ هر عصر در ادب و هنر و علم و فلسفه و عرفان و معیشت خویش تجلی می‌کنند و مجرای شناخت آنان ورود به این تجلیات است.4. درکی پاسخگو به پرسش‌های عملی عصر، یعنی مفسر باید درکی نیکو و ژرف از معضلات عملی داشته باشد. 5. مطالعه تاریخی پدیده تفسیر، یعنی مفسر باید رجوع به سیر تاریخی تفسیر نه تنها قرآن را بر خود واجب بداند بلکه از تفسیر و روشهای فهم دیگر کتب مقدس نیزغافل نباشد.
